幾多の苦境を乗り切り、アジアの危機を救ったネイサン・ジェームズに新たな困難が立ちはだかる。進化した植物病“赤さび病”によって、かつてない食糧不足に襲われ、再び人類生存の危機に直面したのだった。予想を上回る速さで世界中の農作物が感染し、南米で数百万人、米国で20万人の死者を生み出す新たな脅威となり、このまま感染が拡大すれば生物圏が崩壊し、人類が滅亡するまであと1年。この難局を打開できるのは、唯一免疫を持った植物“エラエス・ビリリス”だけだった。アブラヤシの種である、この植物を手に入れるべく、グリーン、バーク、ウルフら上陸部隊が地上に派遣され潜入捜査を行う。絶対的な実戦経験によって向かうところ敵なしかと思われた彼らだったが、新たな敵が背後に迫っていた...。頼みの綱であった情報提供者の死、先手を打たれた海上攻撃、絶望的な物資不足。クルーたちは再び訪れた困難を乗り越えることができるのか。
一方、ネイサン・ジェームズを離れたトム・チャンドラーは、愛する子供たちとギリシャにいた。大海に繰り出し漁で生計を立てる日々。そんな平穏な生活が長く続くはずがなく...。かつて正義と誇りを胸に指揮を執っていたチャンドラー。このまま影を潜めてしまうのか、それとも...。再び繰り広げられる大迫力の海戦!地上戦!!航空戦!!!不屈のネイサン・ジェームズに全人類の運命は託された。

いかなる試練にも対処するため、想像を絶する訓練を積んできたネイサン・ジェームズの乗組員たち。共に苦難を乗り越え、思いを分かち合ってきた仲間は、かけがえのない宝となる。バディは相棒を超え、分身のような存在に。命を託し合い、母国のため、人類のため、任務を全うする。強い絆で結ばれたバディに胸が熱くなるはずだ。

恐れ知らずの不屈の男トム・チャンドラー。冷静な判断、確かな経験値、部下からの信頼と、指揮官に必要な全ての能力を身に着けている。そんなトムが絶対的な信頼をおくのは副艦長のマイク・スラッタリー。トムが船を離れた際は自らが艦長となりネイサン・ジェームズを守り抜く。緊急事態にみせる迅速な連携プレーは長いバディ歴で培ったもの。誰よりも相手のことを理解している彼らに言葉などいらないのだ。

戦術チームの責任者として圧倒的な戦闘能力を誇るダニー。一方カーラもC.I.Cで戦闘部隊長を務める有能な乗組員。同僚として、夫婦として、父母として、固い絆で結ばれている2人。“絶対に生きて子供の元へ帰る”という決心と覚悟が彼らを強くする。優れた判断力をもつダニーと正確な射撃の腕前を持つカーラが魅せる息の合った銃撃戦は見どころ。公私ともに唯一無二のパートナーだ。

ダニー・グリーン、ウルフ・テイラーらと共に上陸部隊の主力として活躍するカールトン。愛する人を失い心に傷を負ったが、戦術行動士官の兄キャメロンが乗船したことで、再び前向きに任務に当たる。緊迫した艦内において、一番の理解者である家族がそばにいることは大きな安らぎ。任務を全うする一方で、何気なく冗談を交わす姿が微笑ましい。極限の状況でも相手を想う兄弟愛に胸が熱くなる。