最後の戦艦となったアーレイ・バーク級駆逐艦“ネイサン・ジェームズ”の孤独で危険な航海は極秘任務遂行のため向かった北極からはじまった。海軍の精鋭216名の他に、ウイルス学者であるレイチェル・スコット博士とその助手を乗せたこの船には、本来の任務とは別にもう一つの任務が託されていた。それは新型の致死性ウイルスの治療薬をつくるため始原株を手に入れること。彼らが北極という大陸と離れた地で、無線封止を継続し外部との接触を遮断している間に、世界はそのウイルスによって人類滅亡の危機に陥っていたのだ。その衝撃的な事実を知ったチャンドラー艦長をはじめとする乗組員たちは、自分たちが最後の希望だということに気づく。
治療薬を安全に開発することができる場所は、荒廃し無政府状態となった母国ではなく、ネイサン・ジェームズの中しかないと考え、治療薬が完成するまでは帰らないことを決意したのだった。
こうしてはじまったネイサン・ジェームズの果てしない航海。サード・シーズンでは治療薬の拡散を妨げ、アジアを牛耳ろうとする中国の国家主席が新たな敵として立ちはだかる。さらに真田広之演じる伝説の海賊“タケハヤ”も登場。
臨場感溢れるアクションとスリリングな心理戦。ネイサン・ジェームズの戦いはまだ終わらない!
これまでネイサン・ジェームズと共に数々の試練を乗り越えてきたチャンドラーだったが、約束通り船を下り、海軍作戦本部長として大統領の補佐を務めていた。順調に復興計画を進めていたアメリカは他国へ関心を向け、特にアジアへ治療薬を届けるため、新たな艦長マイク率いるネイサン・ジェームズを送り込む。世界を揺るがした伝染病の悲劇も収束に向かいだしたかと思われた矢先、ミッチェナー大統領は中国の国家主席“ポン”が治療薬を分配せずに独占しているとの噂を耳にする。さらに追い打ちをかけるように日本でウイルス変異が見られたという情報が入る。真偽を確認するべく、チャンドラーは国際サミットに出席。各国のリーダーの団結なしには解決できないこの大きな問題を前に、交渉役として彼はどのような策を講じるのか期待が集まる中、治療薬の届け先であるベトナムで襲撃事件が発生。マイク艦長をはじめとする乗組員6名が拉致され、捕虜として拘束されてしまう。
犯人を突き止めるべく、再び船に戻りリーダーとして仲間の救出を試みるチャンドラー。彼が追うのは、主犯格として名前が挙げられた伝説の日本の海賊“タケハヤ”。誰が敵か味方かわからない状況の中、信じることができるのは同じ誇りをもった者のみ。あきらめることを知らないネイサン・ジェームズのクルーたちは、離れていても心を一つに新たな敵と立ち向かう!
ファースト・シーズンから登場しているメンバーに加えて、新たなクルーも登場。筋肉隆々の屈強なイケメンたちには思わず見とれてしまうはず!聡明な女性キャラクターたちもさらに大活躍。そして、日本を代表するハリウッドスター、真田広之が日本の誇りを胸にキーキャラクターを熱演。同じレガシーをもった日本人として胸が熱くなるにちがいない!
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トム・チャンドラー<艦長/海軍作戦本部長>
恐れ知らずかつ不屈の男。生まれ持ってのリーダー気質で部下からの信頼も厚い。どんな時も経験に基づく冷静な判断で船を導く。熱く、思慮深い男でもあり、部下とは強い信頼関係を築いている。家族への愛は人一倍強く、愛する妻のもとへ帰る日を心待ちにしている。
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マイク・スラッタリー<副艦長/艦長>
元殺人課刑事という異色の経歴の持ち主。そのため、交渉術に長けている。チャンドラーの良き相談相手で、いつも彼をサポートしている。艦長よりも、身近な存在として部下と良好な関係を築き、ネイサン・ジェームズに欠かせない存在である。
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ラッセル・ジーター
本艦に配属された船員たちのリーダー。20年以上海軍の任務に就き、本艦に乗船するクルーの中で最も年配である。部下たちの良き相談相手であり、チャンドラーとマイクも頼りにしている。
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ダニー・グリーン
海軍山岳ユニットに所属。隊員たちをまとめるリーダー的存在であり、チャンドラーも一目置いている。本艦のクルーたちの中で最も優秀な隊員の一人。カーラ・フォスター大尉との間に1子をもうけ、父としての顔をもつ。
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カールトン・バーク
戦術チームの責任者として、入隊したばかりの隊員たちを指揮する。優れた射撃能力をもち、実戦を得意とすることからチャンドラーと行動を共にすることも多い。大切な人を失った悲しみを乗り越え、新たに乗船した兄キャメロンと任務にあたる。
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ウルフ・テイラー
オーストラリア海軍に所属していた潜水と爆発物処理の専門家。治療薬の届け先であったノーフォークから本艦に乗船したが、クルーたちとすぐに打ち解けチームワークを発揮。アメリカに帰還後はシドニーに戻り、スパイとして活躍する。
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サーシャ・クーパー
中国に連絡員として送り込まれたアメリカの外交担当。かつて海軍の一員としてチャンドラーの船に乗っていた。語学に長け、中国語と日本語を話すことができる。
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カーラ・フォスター
C.I.C=戦闘指揮所で戦闘部隊長を務める。ソナーやレーダーの探知、ヘリやミサイルの戦闘配備の指示などを任されている。アメリカに帰還後、ダニーと結婚し男児を出産。船を下りて大統領のもとで海軍の参謀本部作戦部長として働く。
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ヴァレリー・“ヴァル”・レイモンド
21歳でマサチューセッツ工科大学の博士号を取得した工学部研究員。ワルキューレと名乗り、ラムジー兄弟の通信網の確保を手伝っていたが、真実を知って以来、ネイサン・ジェームズの一員となった。帰還後、チャンドラーらと共に海軍作戦本部の一員として活動する。
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ミッチェナー大統領
住宅都市開発省の長官であり12番目の大統領継承順位をもつ免疫保持者。上位継承者が死亡したため、憲法に基づき正式な大統領となった。過去に犯した失態を反省する気持ちに付け込まれラムジー兄弟こそ正義であると信じていたが、チャンドラーと心を打ちとけ、大統領としての自覚をもち、真のアメリカのリーダーとなった。セントルイスにあるオールドコーストを新たな連邦政府の拠点とし、復興計画を進めている。
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アリソン・ショー
ホワイトハウスで大統領首席補佐官を務めていた人物。ミッチェナー大統領のもとで国内政策を進めるためのサポートをし、大統領のよきアドバイザーでもある。しばしばリヴェラ長官と意見が対立する。
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テックス・ノーラン
グアンタナモ米海軍基地の看主をしていた民間警備会社の社員。チャンドラーからの誘いで本艦に乗船するが、14歳の娘がおり、長いこと会っていないため帰還後は娘を探す旅に出る。非常に仲間思いで、決して仲間を裏切らない。抜群のサバイバル能力とユーモアを誇る。
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タケハヤ
伝説の日本の海賊。“タケハヤ”とは、日本の荒ぶる神の名に由来している。かつては海上自衛隊に在籍していた。キョウコという妻がいる。海賊の中でも最も恐れられている存在である。
アメリカ海軍の全面協力によって実現した本物の艦隊装備を使用したリアルな演出には目を奪われることだろう。作中に登場する装備の数々は、見ているだけで胸が高鳴る。ここでは、ミリタリーファンを熱狂させている本作の装備に注目しよう。
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アーレイ・バーク級ミサイル駆逐艦
本作で物語の舞台となる1隻の軍艦ネイサン・ジェームズは、アーレイ・バーク級駆逐艦のハルゼーが撮影に使用されている。アーレイ・バーク級駆逐艦とはミサイルを搭載している駆逐艦の艦級の一つでイージスシステムを搭載している。第二次世界大戦時に活躍したアーレイ・バーク提督の名前に由来している。
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旅洋III型駆逐艦
中国人民解放軍海軍が配備を進めている防空ミサイル駆逐艦。本作ではポンが乗る“河南” がこのタイプの駆逐艦である。
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海軍用作業服 NWU
チャンドラー艦長らが通常勤務時に着用しているブルーの迷彩服。デジタルピクセル迷彩という迷彩パターンが施されている。しかし兵士から機能面に関して不満の声が上がり、青の迷彩服は廃止されることが決定。2017年の新規入隊者からは緑の迷彩服が支給される見通し。
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AOR1 迷彩戦闘服
ネイビー・シールズが着用する地上戦向けの戦闘服。ベージュ系とグリーン系の2種類があり、ベージュ系は砂漠地帯に特化したもの、グリーン系は草木が多い地帯に特化したデザインになっている。本作ではダニーが着用している。
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サービスドレスホワイトユニフォーム
夏季の式典用制服。合わせて白い靴と金色のバックルが付いた白いベルトを着用する。肩のショルダーボードや胸のバッジ、リボンバーを見れば着用者の経歴が一目でわかる。陸軍や空軍に比べてデザインの改定が多い。