核戦争により壊滅した地球。それから97年後、宇宙ステーション“アーク”で生き延びていた人類は、汚染調査と口減らしを兼ねて少年少女の囚人100人を地球に送り込んだ。地上では、絶滅したと思われていた人類がいくつもの部族に分かれ激しく抗争を展開。若者たちは否応なく過酷な生存競争に巻き込まれてゆく。世界を滅ぼした核戦争の秘密、そして“闇の血”の謎、数々の試練を乗り越えた若者たちであったが、世界中の原子炉がメルトダウンを起こし、地球は再び核の炎プライムファイアに包まれ、すべてが焼き尽くされてしまった。
“闇の血”によって生き延びたクラークは、地上で唯一汚染を免れた“緑の谷”を発見し、そこで純粋な“闇の血”をもつ少女マディと出会う。一方、地下深くにある核シェルターに逃れていた人類は、オクタヴィアの統率の下“1つの民”を形成。限られた食料の中で、究極のサバイバルを強いられていた。そんなある日、緑の谷に囚人輸送船が降り立ち、指揮官ディヨザ率いる囚人たちが谷を占拠。アークへ逃れていたベラミーたちは、囚人たちの母船を発見し、1つの民と囚人軍団は全面戦争に突入。壮絶なバトルが繰り広げられ、緑の谷は壊滅するのだった。そして間一髪、宇宙へ逃げ延びた人類は、地球環境が回復する10年後まで冷凍睡眠に入る選択をするのであった…。
そこは緑が生い茂り、普通に呼吸ができる地球のような環境だった。さらにアルファ星は惑星ではなく、衛星であることが新たにわかる。さらに進んでいくと、放射能シールドがある区域に遭遇。何とか切り抜けたクラークたちが目にしたのは立派な城と美しい集落だったー
しかしそこには誰もいない。何かがおかしい。そう思ったのもつかの間、突然エモリがナイフを持ってマーフィーに襲いかかる。この時アルファでは日食が起きていた。
人類にとって楽園でありながら、ひとたび日食が始まると地獄へと豹変する星アルファ。故郷地球を捨て、この地へ逃れてきた人類は、先住民の支配者集団“プライム”と、その敵対集団“ガブリエルの子”らとの激しい対立に巻き込まれてゆく。“闇の血”と“フレーム”の謎、そしてすべてが予め決められていたかのような壮大なプラン…。これまでクラークやオクタヴィアたちが歩んできた道のりの意味が次第に明らかにされてゆく。それぞれの宿命と未来を懸けて、宇宙に残された全人類の戦いが今始まる。
シックス・シーズンの舞台となるアルファ星は、2つの太陽を有する衛星であり、地球とよく似た大気と自然環境をもつ。クラークたちが訪れる236年前には人類がすでに降り立ち、電磁バリアに守られたサンクタムには都が築かれた。しかし楽園のようなこの星は、太陽が赤く染まる日食の期間だけ、地獄へと様変わりする。日食が大気に影響を与え、生物を凶暴にさせるのだ。ひとたび狂気に陥った者は、見境なく誰かを殺そうとする。それを先住者たちは“狂気の二日間”と呼び、恐れていた。
一方、オクタヴィアも人生最大の試練に立ち向かう。アルファ星の異常現象には、“アノマリー”と呼ばれるものがあった。強力な磁場が渦巻く“アノマリー”の中に入って、戻って来られた者は誰もいない。そこに足を踏み入れた者は、己のあらゆる記憶や欲望が現れるとされる。そんな“アノマリー”の渦の中に入って行ったオクタヴィア。果たして彼女は渦の中で何を見るのか？そして無事に生きて帰って来られるのか？
そんなアルファ星のサンクタムを支配するのが、カリスマ的人物ラッセル率いる“プライム”と呼ばれる指導者集団。核の炎で地球を滅ぼした人工知能アリーと繋がりをもつ彼らは、“闇の血”と“フレーム”の力で人々を支配し続けている。そしてその“プライム”に抵抗しているのが、電磁バリアの外に住む集団“ガブリエルの子”たち。リーダーのガブリエルは、ラッセルと深い因縁をもつ人物。そしてクラークは、この両者の因縁をめぐる壮大な物語のキーパーソンとなり、シリーズ史上最大の試練に立ち向かうことになる。
