インディアン・ヒルの逃亡者が街に放たれた今、ジェームズ・ゴードン（ベン・マッケンジー）はゴッサムの“賞金稼ぎ”として自ら事態を収拾しようとする。 ゴードンは、インディアン・ヒルで行われていた恐るべき人体実験の首謀者ヒューゴ・ストレンジ教授（Ｂ・Ｄ・ウォン）と、その実験対象の一人、フィッシュ・ムーニー（ジェイダ・ピンケット=スミス）を捜し出すという使命を自身に課すのだった。
一方、ゴッサム市警のハービー・ブロック刑事（ドナル・ローグ）とナサニエル・バーンズ警部（マイケル・チクリス）は、引き続き“怪物たちに乗っ取られた”街の犯罪と闘い続ける。 若きブルース・ウェイン（デヴィッド・マズーズ）は、信頼する執事であり良き指導者でもあるアルフレッド・ペニーワース（ショーン・パートウィー）と、ウェイン産業の元従業員ルーシャス・フォックス（クリス・チョーク）の助けを借りて、“フクロウの法廷”と呼ばれる悪名高き犯罪組織の正体に迫るが、ブルースの両親殺害に関する謎は深まる。

ゴッサム・シティがさらに混沌とする中、物語は街の最も邪悪な悪党たちを追いながら展開する。
ペンギン（ロビン・ロード・テイラー）、エドワード・ニグマ／後のリドラー（コリー・マイケル・スミス）、セリーナ・カイル／後のキャットウーマン（キャムレン・ビコンドヴァ）、バーバラ・キーン（エリン・リチャーズ）、タビサ・ギャラバン／またの名をティグレス（ジェシカ・ルーカス）、そしてブッチ・ギルジーン（ドリュー・パウエル）の面々だ。

今シーズンには、後のポイズン・アイビー（マギー・ゲハ）も登場。彼女は、インディアン・ヒルでのある出会いによって、自分の魅力を最大限に利用する若い女性へと生まれ変わっていく。さらに、ツイード・ブラザーズや、狂気と正気の境をさまよう、優れた催眠術師マッド・ハッターことジャービス・テッチ（ベネディクト・サミュエル）の原点を描く。

さらなる狂乱状態に陥ったゴッサムで起こる新たな事件。ウェイン夫妻殺害事件の黒幕とは？
そして伝説のヴィランは誕生するのか！？ヴィランたちが魅せる華麗なるゴッサムの世界にあなたは引き込まれるにちがいない。

ゴッサムの闇にまぎれて陰で立ち回るサイコパスたち。これまで姿を潜めていたヴィランたちが遂に姿を現す。
コミックや映画を参考に練られたオリジナルのキャラクター設定。狂気の限界を超えた究極の犯罪者たちをみていこう。

• オズワルド・“ペンギン”・コブルポッド

  ドン・ファルコンの手下だったフィッシュ・ムーニーの傘持ちからキャリアスタート。
  その後、下手な陰謀を企て追放されるが、運に見放されることなくなんとか生き延び、ファルコン、マローニなきゴッサムの裏社会をまとめる。
  一度アーカムに収容されるがヒューゴ・ストレンジに精神の回復が認められ、良き市民の称号と共にゴッサムに戻る。 その後“本当の自分”を取り戻し、さらなる野心と共に市長選に立候補する。

  

• エドワード・ニグマ

  ゴードンたちと共にゴッサム市警で働いていた科学捜査官。
  愛する人のため殺人を犯し、その彼女までも自分の手で殺めてしまう。 以来、幻覚が見えるようになり精神の錯乱が起きるが、内なる自分に導かれるように殺人鬼としての自分を見つける。 アーカムに収容されるがペンギンの力によって脱獄。 その後ペンギンの補佐官として彼をサポートするが、ある出来事をきっかけに復讐心に取り憑かれ、ヴィランとして覚醒する。

  

• セリーナ・“キャット”・カイル

  ゴッサムを縦横無尽に飛び回り「キャット」という愛称で知られる。
  ウェイン夫妻殺害事件の唯一の目撃者。ゴッサムの闇を知らないブルースに手取り足取りこの街で生き残る術を教えた。 フィッシュに可愛がられ、側に仕える。 長年の友人であったアイビーが行方不明になったことで傷心している。 良心をもつ一方で冷淡な面も併せ持つ、つかみどころのない少女。

  

• ジャーヴィス・テッチ

  バーバラのバーでショーを開催する催眠術師。
  「アリス・イン・ワンダーランド」を異常なほどに愛している。 彼がゴッサムへやってきた目的は、愛する妹アリスを捜し出すため。 懐中時計を用いて人々を混乱させることが得意で、一度心に入られると逃れることはできない。 ツイード・ブラザーズを従えて登場する。

  

• アイビー・ペッパー

  ウェイン夫妻殺害の容疑者という嘘の疑惑をかけられた父が逃亡中に死亡。
  孤独になったアイビーは街を彷徨う中でセリーナと出会い友人になる。 フィッシュたちの集会を盗み見たことでスパイと疑われ、逃げようとした際に水路に流されてしまう。 一時消息不明になったが一命を取り留め、新たに現れた彼女の姿は少女から女性へと変貌を遂げていた。
  植物を大切にしない者は否応なく殺す冷酷さをもつ。