“ワンハンドレッド”が支配を強め、治安が悪化するフリーランド。連日、罪のない命が奪われるこの町で人々の希望の光となり、強く慕われている男がいた。彼の名はジェファーソン・ピアース。ガーフィールド高校の校長を務める彼は大きな影響力をもつ、フリーランドの顔のような存在だ。私生活では 二人の娘アニッサとジェニファーの子育てに奮闘する父で、元妻リンとは両親として良好な関係を築いている。そんな彼のもうひとつの顔、それがヒーローブラックライトニング。

電気を自由自在に操ることができるジェファーソンは、父を殺したトビアスに復讐を果たすため 自警活動をはじめた。政府機関ASAの元エージェントであるギャンビの力を借りて活動を続けていたが、家族を優先するため引退。それから9年。ブラックライトニングが消えたフリーランドではワンハンドレッドがさらに勢力を増し、新種のドラッグ“グリーンライト”が猛威をふるっていた。さらなる混乱に陥る町で、アニッサとジェニファーも事件に巻き込まれてしまう。娘たちを救い出すため、ジェファーソンは再びブラックライトニングのスーツを纏うことを決意。こうして一度引退したヒーローは復活を遂げるのだった。

その頃アニッサは、ありあまる正義感を押え切れずにいた。ヒーローとしてのあり方を模索する彼女に正義の境界線を説くジェファーソン。しかし納得のいかないアニッサは黒衣をまとい、敵のアジトに乗り込んでいく。次第に彼女の噂は広まり“ブラック・バード”と呼ばれるように。父と衝突して家を出たアニッサにとって唯一の心の拠り所は、ガールフレンドのグレース。しかし彼女も秘密を抱えていたのだった。

一方、未知のパワーを秘めたジェニファーは、ヒーロー“ライトニング”として覚醒する時が、刻一刻と近づいていた。安全のため自宅学習をさせられたことで、パワーに向き合うことを余儀なくされるジェニファー。何のために戦うのか。戦うことで生じる犠牲とは。ジェニファーがパワーを自分のものにしたとき、父を超えるヒーローが誕生する。

チーム・ピアースの一人として立ち向かうことを決意したリンは、ポッドの担当者を引き受ける。上司オデルや研究者ジェイスと対立しながらも真相に近づくリン。巨大な陰謀の一角が見え始めた時、既にすぐそばに脅威が迫っていた。

若者を中心に瞬く間に拡散したグリーンライトは、中毒者を次々とメタヒューマンへと変えていく。彼らは“グリーンライト・ベイビー”と呼ばれ、人々に恐れられていた。研究担当者のリンはグリーンライト・ベイビーやポッドの子供たちを救い出すため全力を注いでいたが、ASAエージェントでポッド計画の責任者オデルが彼女の前に立ちはだかる。リンを信頼していないオデルは、妨害とも思える行動を繰り返し、研究で死者を出すことも厭わないマッドサイエンティストのジェイス博士を参加させるよう指示。彼らの強行的なやり方に納得がいかないリンと真っ向から対立するのだった。