タイムズ・スクエアで、過去の記憶を喪失した謎の美女が発見される。彼女の体は、さまざまなタトゥーで埋め尽くされていた。その“ジェーン・ドウ”と、彼女を発見したFBIのチームメンバー、カート・ウェラー、エドガー・リード、ターシャ・ザパタ、そして有能な科学捜査官パターソンは、ジェーンの体に刻まれている複雑な宝の地図の解読と捜査を進めるうちに、どこまでも広がるクモの巣のような陰謀と腐敗の構造、そしてジェーン・ドウの正体と、そもそも彼女をFBIに送り込んだ者の正体、そしてそこに隠された真実を解明していく。
衝撃的なサード・シーズンのフィナーレを受け、「ブラインドスポット」はフォース・シーズンとして帰ってきた。ジェーンはシリーズの初回で彼女の記憶を消し去ったZIPに侵されている。同じくZIPの副作用に苦しんでいた弟のロマンは治療薬を探し求め、そのデータを世界中に隠していた。チームは新たな犯罪を解決するため、そして願わくば、ジェーンを救う治療薬を見つけ出すために、暗号のかけらを追い続ける。フォース・シーズンは、カートが死の淵をさまよい、ジェーンの意識の奥底からレミーが復活し、そしてザパタが悪人たちと行動を共にするところから始まる。ザパタがチームの敵であるHCIグローバルに加わったことを知らないリードは、必死で彼女を捜す。一方、パターソンはリッチ・ドットコムと共にジェーンの治療法を見つけようとする。今シーズン、チームは最初の舞台となる東京をはじめ、ヨーロッパや南米でもアクション満載のミッションを遂行する。
ロマンの死から3カ月。銃弾を浴びたカートは意識を取り戻して退院し、リハビリに励む。ジェーンはチームに合流して任務をこなしている。ザパタはリードに留守電を残して姿を消していた。チームは、ロマンが残したZIPの副作用の治療法やHCIグローバルを潰せると思われるデータを各国から回収しようとするが、重大な事実に気づいていなかった。
リッチが、FBIの通路に飾ってある世界地図のレリーフにタトゥー解読のヒントを発見する。チームが呼んだ世界的な贋作師が見つけた新たな手掛かりをもとに、パターソンとジェーンは現場に急行する。指示に従って次の謎を解き暗証番号を入力すると、ガスが噴射されて2人とも意識を失う。どこかのサーバー室で目覚めた2人の前にいたのは、ジェイソン・スタックと名乗る男だった。
クロフォードの弁護士が殺害され、ザパタが容疑者として当局からマークされたことから、ザパタがCIAにジェーンの情報を流していたことが明らかになる。一方、HCIグローバルの新CEOマデリン・バークがFBIに現れ、クロフォードの不正に関する証拠を提出する。一方、リッチがテロリストの所在を突き止め、突入したチームは爆発に巻き込まれながらもテロリストを逮捕する。
リッチはタトゥーから元精神科病院の住所を割り出す。現地に入ったチームは銃撃戦の末に、大量の人形を押収する。人形には不審な点はなかったが、ヘロインなどの薬物はプラスチックのように成形できるため、麻薬取締局の分析官ローレルに協力を依頼する。しかし突然、人形から粉が噴出しローレルが何かの病原体に感染してしまう。パターソンはとっさにバイオハザードを宣言する。
ジェーンのタトゥーから、ある殺し屋の名前“サイズ”が発見される。チームが調べたところ、サイズと見られる人物がJFK空港に現れていたと判明する。さらにCIAとの協力でサイズの偽名の1つが、ある研究所の後援会に登録されていることを突き止め、彼を逮捕する。しかしFBIに連行されたサイズがリッチの姿を見つけたことから、リッチの知られざる過去が発覚する。
殺害された下院議員が“GPA”というダイイング・メッセージを残していた。パターソンとリッチがさっそく調査すると、GPAはアメリカ国旗のタトゥーに関連があり、政治に関係する団体だと判明する。GPAが連邦選挙と州の法案がらみでニューヨーク州の下院議員候補に多額の献金を行っていることを突き止めたチームは、そのうちの1人の行動を監視する。
カートとジェーンの部屋に、隣家の家主の妹を名乗る女性が現れ、電話を貸してほしいと言う。しかし彼女が電話をかけ終わった直後、暴漢が部屋に乱入する。一味のボスであるイヴは、金を盗むジェーンの姿の映った映像を見せ、金を返せと迫る。2人は暴漢に拉致され、爆弾のついたベストを着けられる。一方、パターソンとリッチは新たなタトゥーの謎を解こうとしていた。
北米航空宇宙防衛司令部“NORAD”が、核ミサイルの発射を検知する。目標はニューヨークで着弾まで32分しかない。FBI捜査官たちは、至急住民の避難誘導を行う。しかしすぐに、NORADへの大規模なサイバー攻撃だったことが判明する。ハッキングはFBIニューヨーク支局のネットワークから行われていたと分かり、チームはハッキングを仕掛けたジェーンとヴァイオレットを追う。
ロマンのデータをもとに検証が行われ、ジェーンの治療が始まる。ただ、この治療法が彼女に効果があるかどうかはまったく不明だった。ジェーンのバイタルが急変するのを見て部屋を出てしまったカートを、パターソンは一緒に闘うべきだと説得する。ジェーンの脳内ではジェーンの意識が目覚め、カートと再会する。さらにチームの仲間が現れ、ジェーンの記憶を引き出していく。
ジェーンが改めて本来の人格を取り戻したことが証明され、捜査官としてFBIに復帰する。彼女はレミーとジェーンの両方の記憶を持って生きることになる。レミーが“カリスト”という人物の話を聞いたことを思い出したジェーンは、それをパターソンに報告する。早速調べたところ、製薬会社に勤務してZIPを開発した人物の名前が浮上するが、その人物は2年前に事故死していた。
人気ミステリー作家のウィンストン・ペアが殺害される。犯行現場には“ジェーン・ドウの謎”という原稿があり、そこにはチームのメンバーが登場していた。ウィンストンはパソコンも携帯電話も持っておらず、現場に残されている証拠はアナログデータばかりだったため捜査は難航する。ようやく不審な男を拘束するが、ほどなくして別の関係者が遺体で発見される。
ZIPの毒が頭頂葉に達したジェーンの体調は、日に日に悪化する。視力を失い、呼吸もままならない。そんな中パターソンとリッチが、ジェーンの治療に有効なスタントン細胞を持っているという大金持ちの医療マニア兼収集家のケンという人物を見つける。早速、彼に細胞の提供を求めるが拒絶される。しかしケンの部屋にある標本類を見て、パターソンがある策を思いつく。
ザパタとボストンは、ブラッドリー・ダイナミクスの航空システムをハッキングしてジャンボ機を墜落させるようマデリンに指示され、大量のC4爆弾が仕掛けられた倉庫に連れてこられる。一方FBIでは、リード、パターソン、リッチが理由を作ってマデリンを訪ね、オフィスからスニファーを回収する。すぐに解析したところ、ブラッドリー・ダイナミクスの内部資料が見つかる。
ウィリアムズバーグの3カ所で爆発が起き、犯人を名乗る人物からFBIのホットラインにメッセージが入る。「2年前の爆弾犯はFBIのでっちあげであり、不正を働いた本人が自ら真実を公表しなければ、さらに爆破は続く」という内容だった。チームはホットラインのメッセージや犯行の様子から、今回の犯人は前回の犯人とされた人物の父親ではないかと推測する。
武器を積んだトラックが襲撃される。トラックを所有するシルバー・マークは中身について口を閉ざすが、盗まれた荷物の番号はジェーンのヘルメスのタトゥーにあった番号と一致していた。調査を進めると、ヘルメスのタトゥーにパズルが隠されていたことが判明する。パターソンとリッチは、ついに盗まれた物質の正体を突き止め、国防情報局のデイヴの協力を得て、物質の行方を追う。
マデリンのオフィスを調べていたザパタとリードに大量の銃弾が降り注ぐ。パターソンの解析と防犯カメラの映像から、犯人はサビニト・カルテルのトップ、フランコ・コルテスのいとこアロンゾだと判明する。サビニト・カルテルは貴重な人材デル・トロを殺された報復として、ザパタとマデリンを殺害しようとしていた。一方ジェーンは、カートに勧められセラピーを受ける。
マデリンが逮捕されて事件は決着すると思われたが、ジェーンがドミニクに薬を打たれて拉致され、生き埋めにされてしまう。ジェーンの失踪に気づいたチームは、防犯カメラの映像からドミニクを特定して足取りを追うが、見失ってしまう。カートは逮捕したマデリンに防犯カメラの映像を突き付けるが、彼女は何も知らないとしらを切り、自分は悪事はしていないと主張する。
ジェーンのタトゥーから、海洋細菌によってできる猛毒“テトロドトキシン”に関する情報が見つかる。その頃、テトロドトキシンによる中毒が26件報告されており、その半数が命を落としていたことが分かる。しかし彼らの摂取した共通の食べ物は、テトロドトキシンが含まれているとは考えにくいメロンだった。チームは何者かがメロンに毒を仕込んだと考え、捜査を進める。
国の研究機関EVCでデータの漏洩が起きる。盗まれたファイルにはミサイルの発射コードが含まれていて、コードが盗まれる前の1時間以内に立ち入り禁止区域でIDを使った者は10人いたことが分かる。そのうちの1人、副社長のエヴァン・マイヤーズが息子のトーマスを連れて姿を消していた。チームは、ハイテクのインスリンポンプを使用しているエヴァンが怪しいとにらむ。
受刑者から情報提供があるとの連絡を受け、チームは支局に向かう。そこにいたのは、NSAのコンピューター・ウィルスでチームを攻撃した凶悪犯、ショヒード・アクターだった。ショヒードはテロ組織“ダバー・ザン”がニューヨークを標的にテロを計画していると言い、情報提供と引き換えに保護を求める。しかしテロの詳細が分からず、チームはショヒードのノートPCを解析する。
マデリンの仲間の1人、バリー・ウォレスがクイーンズ地区の住宅街で発見され、チームが突入する。するとそこには、CIAの古い通信システムを監視していたキートンの姿があった。何者かの暗号化メッセージのやり取りを追って、バリーのもとにたどり着いたという。チームはキートンの同僚ルーカス・ナッシュから合同捜査を提案される。しかしバリーは、護送中に車ごと爆破されて死亡する。
ハッキングによる大規模停電が発生する。一方チームのもとには、キャシーから「送電網を破壊されたくなければ金を払え」という脅迫文が送られてくる。キャシーがアイスランドにいることを突き止めたチームは、さっそくアイスランドへ飛ぶ。マデリンが、これまでの殺害事件はすべてチームの犯行であり、カートの銃で人々が殺害されたと供述したことで、チームはドミニクの共犯者に仕立て上げられる。
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ブラインドスポット<フォース・シーズン>Vol.1
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ブラインドスポット<フォース・シーズン>Vol.11
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ブラインドスポット<フォース・シーズン>Vol.7
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