遂にクラークはロイスにプロポーズするが、ロイスは彼の手の感触でクラークがスーパーマンであることに気付いてしまう。混乱したロイスはプロポーズを拒否し、ふたりの仲はギクシャクする。一方、インナーギャングのビル・チャーチは、心臓発作を起こしたことを機に、善行に財産をつぎ込み始めたため、再婚相手のミンディは組織を乗っ取ろうとする。
ある雑誌社のオーナーであるスペンサーは身体が不自由なため、スーパーマンの肉体を手に入れ、自分の頭を付け替えようとしていた。彼の陰謀で南の島にバケーションに出かけたロイスとクラーク。普通の人間としてのクラークを知りたいと言うロイスのため、クラークは旅の間スーパーパワーを封印すると誓う。が、ふたりはスペンサーの手下に捕まってしまい・・・。
取材からの帰り道、ロイスの運転する車が突然動かなくなり、気が付いたときには朝になっていた。ロイスはエイリアンに誘拐されていたのだと思い込む。真相を探り始めたロイス、クラーク、ジミーがヘリで現場に向かう途中、ロイスはヘリから飛び降りてしまう。スーパーマンに助けられ事なきを得るが、ロイスは催眠状態にあり、何者かにコントロールされていた。
チャリティーオークションでロイスとのデート権を競り落とそうとしていたクラークの前に、ロイスが交換留学でアイルランドにいた頃のボーイフレンド、パトリックが現れ、破格の値段で競り落とす。パトリックは古代アイルランドの宗教の復活のために、心から愛する人～ロイス～を生贄に捧げるつもりだったのだ！
ラリー・スマイリーの主催するセミナーに出席した夫婦が次々に姿を消す。ロイスとクラークは夫婦を装ってセミナーに潜入し、古代文書の1ページを手に入れる。解読してみると、スマイリーは大洪水を起こして“ノアの箱舟”を再現し、誘拐した選ばれた人間のみを残して新しい世界を創造しようとしていることが発覚する。
大富豪のティムとアンバー・レイク夫妻は、珍しいものに執着する収集家。スーパーマンとロイスをコレクションに加えたい夫妻は、スーパーマンに恨みを抱くバッド・ブレーンを脱獄させるが、すぐに殺害し、彼の仕業に見せかけてクリプトナイトを盗み出す。さらにロイスを騙して監禁し、スーパーマンをおびき出すが・・・。
2億ドル強奪を企むルシールとネルの姉妹は、赤いクリプトナイトのレーザーでスーパーマンのやる気を奪おうとする。ところが、レーザーからロイスをかばったために、スーパーパワーがそっくりロイスに移ってしまい、クラークは普通の人間になってしまう。代わりにロイスがウルトラウーマンに変身し、人助けのために奔走する。
やっと婚約にこぎつけ、幸せいっぱいのロイスとクラーク。ところが、スーパーマンの子供、ジェシーを育てているという女性が現れ、片手でソファーを持ち上げたり、空を飛んだりするのを見たロイスは動揺する。そんな中、メトロポリスで行われることになった平和条約への調印を阻止しようとする強硬派にジェシーが誘拐され・・・。
第二次世界大戦中、ナチスによって肉体を冷凍保存されたままアメリカに送り込まれていた3人の若者が目を覚ました。彼らの使命は、同時にアメリカに渡り、今では重要なポストについているナチ党員の仲間と協力してアメリカを支配下に置くこと。そのために、邪魔な存在であるスーパーマンを抹殺しようと核爆弾を爆発させる。
バーチャル・リアリティーのエキスパートであるジャクソンは、レックス・ルーサーが築き上げた帝国を乗っ取ろうとしており、レックスの開発した洗脳プログラムにアクセスするパスワードを必要としていた。そこでレックスの元婚約者であるロイスから聞き出そうと、バーチャル・ワールドの取材に来て欲しいと招待する。
ビル・チャーチの再婚相手、ミンディがインナーギャングを復活させようと本格的に動き出した。ミンディはスーパーマンの命を狙い、クリプトン星のウィルスを培養してスーパーマンに風邪をひかせる。一度も病気をしたことのないスーパーマンは、抵抗力がないために危篤に陥ってしまう。ロイスは元外科医の父に治療を頼むが・・・。
世界的に有名な魔術師バロン・サンデーがメトロポリスにやってきた。それと同時に奇妙な事件が起こり始め、バスの運転手と諜報局のエージェントが謎の死を遂げる。彼らが息絶える直前、胸にヘビのマークが一瞬浮かんで消えていた。そして同じマークが、悪夢にうなされて目を覚ましたクラークの胸にも現れていた・・・。
国家諜報局のエージェントで、局内部の背任行為の情報をロイスとクラークに流していたコリンズが殺された。彼は死ぬ直前、極秘情報がコード化されて入っているコンピュータをロイスに渡す。そこでジミーがコードの解読にトライするが、突然長らく疎遠にしていたジミーの父親・ジャックが現れ、ジミーはとまどう。
タイム・マシーンの男・テンパスが戻ってきた。テンパスは結婚を来週に控えたロイスをもうひとつのメトロポリスへ連れ去る。その世界では、ロイスは3年前から行方不明になっており、クラークは高校時代のガールフレンドであるラナと婚約し、スーパーパワーを隠して生きていた。ロイスはクラークをスーパーマンに変身させようとするが…。
クラークとの結婚式を控えたロイスのもとに枯れた薔薇の花束が届けられる。不吉な出来事に不安を覚える彼女に追い討ちをかけるように、メトロポリスは大雨。飛行機が欠航になり招待客が来られないうえ、予約したホテルが満室になってしまったり、リハーサルをする予定のレストランが営業停止になるなど災難続きで…。
結婚式以来、ロイスの様子がどうもおかしい。実はクラークと結婚したロイスはクローンで、本物のロイスはレックス・ルーサーに捕らわれていた。なんとかルーサーのもとを逃げ出したロイスだったが、途中で車にはねられて過去の記憶を失ってしまう。異変に気付いたクラークは「ロイス失踪」の記事をデイリー・プラネットに掲載する。
レックスの隠れ家に連れ去られたロイスは、洗脳されてクラークとスーパーマンは悪者だと信じ込んでしまう。レックスは男女のクローンを盗み出し、自分とロイスの魂を入れようと企む。姿が変わってしまえばクラークとスーパーマンに追われることもなくなるからだ。一方、自分があと2日間の命と知ったロイスのクローンは…。
記憶喪失の治療を受けるため、専門のセンターに入院したロイス。ところが主治医のディーターが彼女に患者以上の好意を抱き、何かとロイスとクラークの仲を引き裂こうとする。しかもこのセンターは経営が苦しく、密かに殺人の依頼を受けて副収入源としていた。ロイスはこのサイドビジネスに気付き、独自の調査を始める。
兄に発明の実績を横取りされていたハーキマーは、強い電磁波を発するマシンを発明して母の気を惹こうとしていた。電磁波の影響でメトロポリスはパニックに陥るが、ロイスはこのショックで記憶を取り戻し始める。しかしロイスの記憶喪失が治ると困るディーターは、彼女に催眠術をかけて自分を愛しているのだと思い込ませる。
ロイスの高校時代の友人たちのパートナーが次々に失踪する。同時期に、高校では目立たない存在だったが今は事業に成功して富と名声を得たアネットが、急にかつての同級生たちと親交を深めるようになっていた。実は彼女は華やかな友人たちを恨んでおり、使うと小さくなってしまうシャンプーを開発して送りつけていたのだった。
宇宙ステーションの落下事故、地下にしかけられた爆弾…一歩間違えば大惨事になるような悪質な事件が相次いで起こる。クラークはその度に何とか食い止めるが、いったい誰が何のためにこんな真似をしているのか…？ 悩む彼の前に、自ら姿を現した犯人、サラ（ザーラ）とシェーン（チン）は、実はクリプトン星人だった。
クリプトン星人の生き残りが小惑星を開拓して作ったニュークリプトンに危機が迫っていた。チン中尉（シェーン）とザーラ（サラ）は、クラークに助けを求めにやってきたのだった。クラークは同胞を救うためにニュークリプトンへ旅立つことを決意する。ロイスはいつ戻るかもわからないクラークを待つことに…。
DVD
LOIS&CLARK/新スーパーマン <サード・シーズン> セット1 （6枚組）
【 DISC1 】
ディスク仕様：DVD
【 DISC2 】
ディスク仕様：DVD
【 DISC3 】
ディスク仕様：DVD
【 DISC4 】
ディスク仕様：DVD
【 DISC5 】
ディスク仕様：DVD
【 DISC6 】
ディスク仕様：DVD
※仕様、特典、ジャケット・デザイン、価格等は都合により予告なく変更する場合がございます。
DVD
LOIS&CLARK/新スーパーマン <サード・シーズン> セット2 （5枚組）
【 DISC1 】
ディスク仕様：DVD
【 DISC2 】
ディスク仕様：DVD
【 DISC3 】
ディスク仕様：DVD
【 DISC4 】
ディスク仕様：DVD
【 DISC5 】
ディスク仕様：DVD
※仕様、特典、ジャケット・デザイン、価格等は都合により予告なく変更する場合がございます。
LOIS & CLARK/新スーパーマン ＜サード・シーズン＞ コレクターズ・ボックス2
【 DISC1 】
本編：約 92 分
本編サイズ：スタンダードサイズ／4×3FF
音声：1. ドルビーデジタル 2.0ch：英語 2. ドルビーデジタル 2.0chモノラル：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用
字幕翻訳：岩本幸一郎
吹替翻訳：徐 賀世子
【 DISC2 】
本編：約 92 分
本編サイズ：スタンダードサイズ／4×3FF
音声：1. ドルビーデジタル 2.0ch：英語 2. ドルビーデジタル 2.0chモノラル：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用
字幕翻訳：岩本幸一郎
吹替翻訳：徐 賀世子
【 DISC3 】
本編：約 92 分
本編サイズ：スタンダードサイズ／4×3FF
音声：1. ドルビーデジタル 2.0ch：英語 2. ドルビーデジタル 2.0chモノラル：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用
字幕翻訳：岩本幸一郎
吹替翻訳：徐 賀世子
【 DISC4 】
本編：約 91 分
本編サイズ：スタンダードサイズ／4×3FF
音声：1. ドルビーデジタル 2.0ch：英語 2. ドルビーデジタル 2.0chモノラル：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用
字幕翻訳：岩本幸一郎
吹替翻訳：徐 賀世子
【 DISC5 】
本編：約 91 分
本編サイズ：スタンダードサイズ／4×3FF
音声：1. ドルビーデジタル 2.0ch：英語 2. ドルビーデジタル 2.0chモノラル：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用
字幕翻訳：岩本幸一郎
吹替翻訳：徐 賀世子
【 DISC6 】
映像特典：約 18 分
映像特典内容：
二人が結ばれるまで （８分）
“鋼鉄の男”クイズ・チャレンジ （１０分）
音声：1. ドルビーデジタル 2.0chステレオ：英語
字幕：1. 日本語
字幕翻訳：安原菜穂子
吹替翻訳：なし
※仕様、特典、ジャケット・デザイン、価格等は都合により予告なく変更する場合がございます。
LOIS & CLARK/新スーパーマン ＜サード・シーズン＞ コレクターズ・ボックス1
【 DISC1 】
本編：約 92 分
本編サイズ：スタンダードサイズ／4×3FF
音声：1. ドルビーデジタル 2.0ch：英語 2. ドルビーデジタル 2.0chモノラル：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用
字幕翻訳：岩本幸一郎
吹替翻訳：徐 賀世子
【 DISC2 】
本編：約 92 分
本編サイズ：スタンダードサイズ／4×3FF
音声：1. ドルビーデジタル 2.0ch：英語 2. ドルビーデジタル 2.0chモノラル：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用
字幕翻訳：岩本幸一郎
吹替翻訳：徐 賀世子
【 DISC3 】
本編：約 92 分
本編サイズ：スタンダードサイズ／4×3FF
音声：1. ドルビーデジタル 2.0ch：英語 2. ドルビーデジタル 2.0chモノラル：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用
字幕翻訳：岩本幸一郎
吹替翻訳：徐 賀世子
【 DISC4 】
本編：約 92 分
本編サイズ：スタンダードサイズ／4×3FF
音声：1. ドルビーデジタル 2.0ch：英語 2. ドルビーデジタル 2.0chモノラル：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用
字幕翻訳：岩本幸一郎
吹替翻訳：徐 賀世子
【 DISC5 】
本編：約 91 分
本編サイズ：スタンダードサイズ／4×3FF
音声：1. ドルビーデジタル 2.0ch：英語 2. ドルビーデジタル 2.0chモノラル：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用
字幕翻訳：岩本幸一郎
吹替翻訳：徐 賀世子
【 DISC6 】
本編：約 91 分
本編サイズ：スタンダードサイズ／4×3FF
音声：1. ドルビーデジタル 2.0ch：英語 2. ドルビーデジタル 2.0chモノラル：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用
字幕翻訳：岩本幸一郎
吹替翻訳：徐 賀世子
※仕様、特典、ジャケット・デザイン、価格等は都合により予告なく変更する場合がございます。
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