ファースト･シーズン最後の出来事から１年が経ち、４つの国（ランド）はカオスの中にあった。魔法が再び登場し人々を怖がらせ、クリムゾンという組織が召集された。クリムゾンは、魔法の使い手たちを追い詰めていく。恐怖を植えつけ、脅迫し、人種間の内紛を起こさせることによって。アンバリーを失いエレトリアと離れたことで深い傷を負っているウィルは、魔法を使い世界を守るという運命には背を向け、治療師になろうと決意する。だがある日、ウィルは、突然クリムゾンに襲われ、マレスという名の謎めいた女性に救われたことから、再び闘いに臨むことを余儀なくされる。エレトリアと再会したあと、ウィルとマレスはアラノンを捜す。そしてアラノンが次のドルイドとして鍛えていたバンドンが邪悪な「闇の王」を復活させようとしていることを知るのだった。バンドンは、最も暗黒で邪悪な“闇の王”を復活させようとしていた。ウィルたちは、団結して４つの国を守らなければならない。クリムゾンを倒し、さらに大きな脅威を放とうとしているバンドンを阻止しなければならない。すべてが手遅れになる前に。