＜セカンド・シーズン＞最終話で凶弾に倒れたリッグスに代わり、新たなパートナーは、単身任務を得意とし、ひとりで危険に飛び込む”型破りで破天荒”な性格で、過去を語りたがらない謎多き元ＣＩＡ捜査官のウェスリー・コール！マータフ＆コールという新たな最強コンビは時にシリアスに、時にコミカルに事件を解決していく！

前シーズン最後、ロス市警強盗殺人課の刑事リッグスは、異母弟ギャレットに胸を撃たれ、ＥＲに搬送される。病院でリッグスの手術が終わるのを待つマータフだが……。それから半年後、シリアの戦場にいた元ＣＩＡのコールがロス市警で警官として働き始める。コールはＣＩＡ捜査官だったころに付き合っていた女性ナタリーと、２人の間にできた娘マヤが暮らすロサンゼルスで再出発することに。ロス市警はリッグス事件の犯人はギャレットだと断定するが、その後ギャレットが死亡。事件の裏になんらかの陰謀があると疑い、独自に捜査を進めるマータフは、ギャレットの死亡時にそばにあった車を捜索。一方、駐車違反の取り締まりを行なっていたコールは怪しげな２人組を追っていたところ、チェチェン人との銃撃戦に巻き込まれる。チェチェン人らの車は、マータフが捜していた車だった。ひょんなことからマータフとコールは一緒に捜査を進めることになるが……。