HBO制作の気骨ある刑事ドラマシリーズのシーズン2。舞台は一転してボルティモア埠頭。そこでは港湾労働者組合が、変貌する経済社会に立ち向かおうと必死の努力をしている。
シーズン2の第1話。港湾警備に左遷の身になったジミー・マクノルティ刑事は、ボルティモア港に浮かぶ女性の死体を発見。一方、ボディーはバークスデール組織の用事でフィラデルフィアまで車で向かう。
港湾労働組合長のフランク・ソボトカは、組合を代表して教会にステンドグラスを寄付する。その見返りとして、神父に上院議員を紹介してもらい、ボルティモア港復興に一役かってもらおうという魂胆。
バンクとフリーマンは彼らの犯罪現場であるコンテナ船をフィラデルフィアまで追跡するが、そこでは英語が通じない。証拠保管課への左遷扱いとなったセドリック・ダニエルズは 自らの境遇にうんざりし、周囲に自分は署を飛び出すつもりであると言って回る。
ソボトカは甥のニックに対しカメラを盗んだことを叱り付け、手遅れにならないうちに元に戻せと命令する。マクノルティは自分で決めたルールに基づいて、浮いていた死体の身元調査中だが、古い仲間のバンクはもっと急ぐ事件があることを指摘する。
ジギーは支払いができない理由を信じてもらえず、麻薬密売人に珍重する愛車のカマロを巻き上げられてしまう。他の警察署に港湾での殺人事件を依頼できないロールズ警部は、殺人課のバンクに依頼することを決意する。
警察の仕事にのめり込み過ぎるのを控えるために、また結婚を元の鞘に納めるために、マクノルティはジェーン・ドーの身元を洗う仕事を中断してしまう。ソボトカの調査中、刑事たちはコンピューター上にパターンを見つけて、ダニエルズにそのことを説明する。しかし、ダニエルズは未だに殺人事件との関連性を認めたがらない。
ソボトカは港湾規則の現状についての問題を政界のロビイストに説明する。ラッセルはソボトカに特捜班の捜査は終了したと話すが、実は港湾のコンピューターをエミュレートでコピーしているので、コンテナが紛失すると、その行方を刑事は追跡することができる。
マクノルティは落ち込んで、以前のように大酒を飲み始める。マウイと喧嘩してみろと、仲間の港湾労働者にそそのかされ、ジギーはまたもや侮辱されるのであったが、後日酒場で元気を取り戻す。マクノルティが捜査に戻りたがっていることをバンクがダニエルズに話すと、マクノルティを捜査に戻すことをもう一度ロールズに頼んでもいいとダニエルズは承諾する。
組織の売り上げを改善しようとするボディーの努力は悲惨な結果に終わり、ベルは戦略を再考する事に。お気に入りのアヒルを引き連れたジギーは、ギリシャ人たちを利用した新しい犯罪にジョニー・フィフティーを引き込もうとする。マクノルティは、隠密行動で、多勢に無勢の状態の中、仲間の助けを待つばかり。
特別捜査班は衛星通信技術を活用し始める。ボディーはプロポジション・ジョーの手下が自分の縄張りに入って来るので面白くない。しかし、商売は好調だった・・・ニューヨークから新顔が現れるまでは。ストリンガー・ベルは問題対策として、それらしくない解決手段に入れ込んでいた。
時計が時間を刻んでいくうちに、特別捜査班は絶望的な行動を犯してしまい、ダニエルズはランズマンの指揮官としての行動を厳しく非難する。ソボトカには悪い情報が大量に入り込み、ニックのペテンぶりが明らかになる。
シーズン2のフィナーレでは、特別捜査班が挫折を経験し、新しい協力者が必要であることが明らかになってくる。一方、ラッセルとバンクは証拠を求めてフィラデルフィアを再訪する。ブラザー・ムーゾンは協定書のことでストリンガー・ベルと会合し、ベルをエイヴォン・バークスデールと取り引きさせるよう仕向ける。