ニューヨーク・マンハッタンのアメリカ政策研究所(通称:API)で働く情報分析官が、あるささいなことをきっかけに、全世界で起こる出来事を裏で操作する秘密組織と、驚くべき大規模な陰謀の存在に気づき、謎を追い始める、究極のサスペンス・ミステリー。
API(アメリカ政策研究所)で働くウィルは9.11のテロで妻子を亡くしてから、心に傷を負ったまま、淡々と業務をこなす毎日が続いていた。ある朝、同僚から新聞のクロスワードパズルの答えを尋ねられ、「四つ葉のクローバー」という答えを導き出す。
デヴィッドの死のニュースを聞き、呆然とオフィスに佇むウィルは1本の電話を受ける。チェスの駒を指示するその電話の主は、元APIのアナリストで暗号解読の天才と呼ばれたエド・バンクロフトだった…。
デヴィッドの荷物から発見されたアルファベットの解読方法をエドから聞いたウィルは、その解読に成功する。ヒントは、デヴィッドから誕生日にプレゼントされた本に隠されていた。そんなある日…。
ウィルは、API所長と共にワシントンD.C.に出張することになるが、秘密裏に調査を続けていた。一方、キャサリンは、自殺した夫トムの遺留品の中から携帯電話を見つけ、友人ジェームズから残されていた留守番電話に疑問を覚える。
ウィルは、怪しいと睨んでいた7人のうちの1人、ドナルド・ブルームがニューヨークに滞在している情報を得る。その一方で、ケイルはウィルのチームのターニャの不規則な生活を見抜き、彼女に疑問を抱いていた。
ウィルの留守中にケイルがウィルの自宅を、またウィルの離席中にマギーが彼のデスク周りを探っていた。一方で、キャサリンはトムの事務所で見つけた死亡記事を頼りに、トムについて何か知らないかと独自に調査を始める。
自宅もオフィスも盗聴されていると知ったウィルは愕然とする。しかし、誰が仕掛けているのかまったくわからなかった。そんな中、ウィルらはAPI内部に秘密漏えい者が居るということで、FBIの管理体制に入り、すべての作業は中断・身動きが取れなくなる。
ケイルの行動に不信感を抱いたウィルはエドに相談する。APIでは、あいかわらずFBIの調査が続いていて、15日毎に検尿も行われていた。ある日、ウィルのデスクを探るマギーは彼の上着のポケットから、あるお菓子のくずを発見し…。
身の危険を感じたウィルは、自分のアパートを出て、隣人のアンディに助けを求める。ケイルは自分が尾行されていると感じる一方で、キャサリンは、受け取った写真について更なる情報を入手する。その情報の中には、写真とAPIをつなぐ事実も含まれていた。
ウィルとキャサリンが秘密裏に会い、キャサリンは自分が持っている情報をウィルに提供する。そこで、ウィルは、かつての自分のボスが追っていた秘密を自分もまた追っていることに気づく。
カテブに関する新しい情報を、APIは入手していた。調査の続行を任されたウィルは、チームからはずされていたターニャとマギーをチームに戻すよう要求。一方、ウィルは子供が並んで写った白黒の写真を頼りに、フィッシャーズ島に連絡を取る。
自宅で襲われたウィルの部屋を何事もなかったかのように片付けたのはアーリスだった。ウィルはキャサリンも同じように危険だと感じ、アーリスの助言でキャサリンを安全な場所に確保する。一方、カテブ追跡調査がAPI総動員で行われようとしていた。
ガルベストン湾で、石油タンカーの爆破と沈没がテロリストの手によって実行されてしまう。首謀者究明のため、ウィル達は情報分析を急ぐ。一方、キャサリンは夫トムとの思い出のDVDを見ていて、トムのメッセージが隠されていたことに気づき…。