第1話 マスター・チェンからの招待状
ニンジャゴーの世界はこれまで何度となく、悪の手によって脅かされてきた。
しかしそのたびに、平和を守ってきた5人のニンジャがいる。
その5人の名は、カイ、ロイド、コール、ジェイ、ゼン。
スピン術マスターであるウー先生のもと、固い絆で結ばれた5人だったが、先の戦いで、ゼンがみんなを守るため犠牲になってしまった。
大事な仲間を失い、悲しみに暮れている4人のもとに、新たな脅威が忍び寄ろうとしていた。
第2話 開幕！エレメント・トーナメント
様々な特殊能力、エレメントパワーを持つ謎めいた面々とともに島に辿り着いた4人のニンジャたち。
そこには、ガーマドン先生の過去を知る男クラウズやエレメント・トーナメントの主催者マスター・チェンが不敵な笑みを浮かべて待ち受けていた。エレメント・トーナメントで生き残るのは勝者ただ一人だと宣言するマスター・チェン。しかしこのトーナメントには隠された目的が・・・。
第3話 コール対ジェイ
ニャーがニンジャたちの捜索に動き出していたころ、最初のバトルを勝ち抜いたニンジャたち4人には新たな危機が待ち受けていた。
次の戦いは1対1のガチンコバトル。
マスター・チェンによって仕組まれた対戦カードは、いよいよニンジャ同士の戦いを強いる!
その頃、マスター・チェンの島の地下に閉じ込められていたゼンが、目を覚まそうとしていた・・・
第4話 仕組まれたレース
いよいよ伝説のグリーンニンジャ、ロイドがエレメント・トーナメントに登場!
マスター・チェンの策略で、他の挑戦者たちも参戦し、ロイドは集中攻撃を食らうことになってしまう・・・。
ニンジャたちはエレメント・マスターたちに、結束してマスター・チェンに立ち向かおうと呼びかけるが、クラウズやマスター・チェンがそれを阻む!
果たして、ニンジャたちは敵対するエレメント・マスターたちと手を組むことが出来るのか?そしてロイドの勝敗の行方は?
第5話 スパイを捜せ！
戦いを通して結束を強め始めたエレメント・マスターたちだったが、マスター・チェンはまたも挑戦者たちを引き裂く策略を用意していた。
挑戦者のなかに、マスター・チェンが送り込んだスパイがいるという噂が。お互いを疑い、敵対してしまう挑戦者たち。
更に、島に潜入したニャーにも危機が迫る!
そして地下に落とされたコールが動き出す。果たしてコールはゼンを救い出し、自らも脱出することが出来るのか?
第6話 戦いの歴史
次なるエレメント・トーナメントのミッションは、黒魔術の書を手にしたニャーを捕らえることだとマスター・チェンが挑戦者たちに宣言する!
このバトルで、ニャーだけでなく、エレメント・マスター全員をも罠にかけようとするマスターチェン。一人また一人と危険にさらされていく挑戦者たち。
そんな中で、信じていたスカイラーの裏切りを知ってしまったカイ!ニンジャたちはマスター・チェンの魔の手から逃れ、無事ニャーを守ることができるのか!?
第7話 マスター・チェンの野望
ラーメン工場ではコールとゼンが、皆と力を合わせて脱出計画を進めていた。監視たちの目を盗みながら、脱出のための作業を進めるエレメント・マスターたち。
一方、ロイド、ニャー、ガーマドン先生は仲間を救出するため、マスター・チェンの元へ向かう。しかしそこでロイドに立ちはだかったのは、ニンジャたちを裏切り、マスター・チェンに寝返ったカイだった!
第8話 団結 エレメント・マスター！
行方不明のマスター・チェンたちを探し出し、スカイラーを助け出そうとするニンジャたち。
森の中を捜索していたゼンは、洞窟でまたもドラゴンの幻覚におそわれる。ドラゴンに恐怖するゼン。
一方で自力で逃げようとするスカイラーを追う中で、マスター・チェンとニンジャがバトルに！
ニンジャたちはスカイラーを助け出し、黒魔術の完成を阻むことができるのか!?
第9話 ニンジャゴーシティ 危機、迫る！
ニンジャゴーシティにたどり着いたニンジャたち。しかし、マスター・チェンの姿が見当たらない。
実はアナコンドライへの変身はまだ完全ではなかった。変身を完全なものにするため、マスター・チェンはパイソーの元へ向かっていた。一方、ニンジャたちもパイソーの元へ・・・。
ニンジャたちはパイソーを守り、新たなヘビヘビとの争いを阻止することができるのか!?最後の攻防が、いよいよ始まる!
第10話 別れ
ニンジャゴーの侵略を進めるマスター・チェンの大軍勢。力をあわせてその侵略を止めるため、ニンジャとエレメント・マスターたちが選んだ決戦の場は「運命の谷」だった。
ニンジャたちはマスター・チェンの魔の手からニンジャゴーの世界を守ることができるのか!
ニンジャたちにパイソーが告げる最後の手段とは!?
第11話 もう1つの戦い
マスター・チェンとの戦いは終わった。
しかし、この戦いの前にも、ニンジャたちが力を合わせてニンジャゴーシティを守った戦いがあった。
これは、最先端技術が発達したニンジャゴーシティを舞台に繰り広げられた、ゼンとの別れの物語。
第12話 オーバー卿の脅威
ニンジャたちはオーバー卿の動きを止めるため、変電所へと向かった。ニンドロイドたちが待ち受ける中、ニンジャたちは、変電所を停止させ、オーバー卿の動きを封じることが出来るのか!?
そして、オーバー卿に狙われたロイドは無事、エレメント・パワーを守ることが出来るのか!?
第13話 コンピューターの世界
オーバー卿に捕らえられたロイド・・。
このままではエレメント・パワーを奪われ、オーバー卿が肉体を取り戻してしまう。
ニンジャたちはロイドを救うため、そしてオーバー卿の復活を阻止するために、ボーグの力を借りてコンピューター内部へ潜入することを決意する!
第14話 ニンジャ、宇宙へ
アークトゥルス計画、それはオーバー卿が完全体となるために、宇宙にある黄金のパワーストーンを手に入れる計画だった!
それを阻止するべく、ニンジャたちも宇宙へと飛び立つ!
そこに襲い掛かるニンドロイドたち。
更に、意外な敵が宇宙で戦うニンジャたちを危機へと陥れる!?
第15話 決着のとき
宇宙に取り残されてしまったニンジャたち・・・。
一方、黄金のパワーストーンを手に入れたオーバー卿は完全体となり、ニンジャゴー・シティをかつてない破壊と混乱の渦へと陥れていく。
果たしてニンジャたちは宇宙から帰還し、オーバー卿の暴挙を止めることが出来るのか!?
第16話 奪われた仲間
マスター・チェンとの戦いを終え、平和を取り戻したかに思えたニンジャゴーの世界。しかし、ガーマドン先生が開いた暗黒世界との境界から、一筋の影が忍び込んでいた・・・。
それはひそかに、だが確実にニンジャたちを狙う、新たな敵・ゴーストニンジャだった!
第17話 VS ロイド
モローの圧倒的なパワーにより、杖を奪われてしまったニンジャたち。しかし隠されたメッセージを、ウー先生はギリギリのところで書き写していた。
杖に隠されていたメッセージから、失われた武術“エアー術”の習得が必要と知るニンジャたち。
一行はエアー術習得の手掛かりを握るなぞの盗人、ローニンのもとへ。
一方でモローは、ニンジャたちを倒すべく、新たなゴーストを呼び出していた・・・!
敵か味方か！？謎の男ローニン
エアー術の書を手に入れるため、スティークスの街へとやってきたニンジャたち。いかにも危険な雰囲気が漂うこの街のどこかで、盗人ローニンがエアー術の書を隠し持っているというのだが・・・。
その頃、モローは新たな仲間、ソウルアーチャーを召喚し、ニンジャたちより早く、エアー術の書を手に入れようとしていた・・・!
第19話 恐怖！ゴースト寺の呪い
エアー術の書をモローに奪われてしまったニンジャたち。エアー術習得に残された手段はヤン先生のゴーストから、直接エアー術を教えてもらうことのみ・・・。
しかし、ヤン先生のゴーストがいると言われるゴースト寺は、夜明けまでに寺を出られなかったものをゴーストにしてしまうという恐ろしい場所だった!!
第20話 旋風に挑め！
とうとう、エアー術の書を手に入れたニンジャたち。皆がエアー術習得のため修行に打ち込むなか、一人、ゴーストになってしまったコールだけは修行に身が入らない。
その頃、ミサコが2つ目の暗号を解読。次にニンジャたちが目指す場所は、何と、雲の上・・・!?
第21話 雲の上の王国
雲の上の王国にたどり着き、予言の剣を捜し求めるニンジャたち。そんなニンジャたちを、モローが追う。
ニンジャたちは、モローより先に予言の剣を見つけることができるのか?そしてモローが初代スピン術マスターの墓を探す本当の目的とは一体・・・!?
第22話 ニンジャ、絶体絶命！
ロイドの協力もあり、なんとか予言の剣を手に入れたニンジャたち。
しかし、モローに命令されたローニンによって、予言の剣が盗み出されてしまう!
モローの企みによって、絶体絶命の状況に陥ったニンジャたちは・・・!?
第23話 追跡！パラレルクリスタル
ローニンフライヤー R.E.X. 通称レックスの案内により、海底にある初代スピン術マスターの墓にたどり着いたニンジャたち。しかしその行く手を、墓に仕掛けられた三つのミッションが阻む。
さらに、墓を目指すモローとバトルに・・・!!
第24話 封鎖せよ！暗黒世界
パラレルクリスタルを奪われてしまったニンジャたちは、モローたちを追ってスティークスの街へ。
先に街に着いたモローたちは暗黒世界の扉を開き、マザーエミネントを迎えようとしていた・・・!!
第25話 最終決戦！マザーエミネント
ついに、マザーエミネントが解放されてしまった。ロイドは暗黒世界に引きずり込まれてしまい、スティークスの街には大量のゴーストたちが暴れまわる。
八方ふさがりのニンジャたち・・・。
しかし、どんなときでもニンジャは絶対あきらめない!ロイドとニンジャゴーの世界を取り戻すための、ニンジャたちの最終決戦が、はじまる!
第26話 ニンジャへの道
これは、ニンジャたちが様々な戦いを乗り越える前の物語。ウー先生とカイの初めての出会いとは!?そしてニンジャたちが初めて戦うことになった敵とは・・・!?
