ジャスティス･リーグが結成されて1年。スーパーマンを中心とする組織にバットマンはひとり浮いていた。 そんなある日、地球に危機が迫る！バットマンの意見を無視し、スーパーマン、ワンダーウーマンらはサーバー生命体ブレイニアックをやっつけようとするが、なんとタイムワープされてしまう。 バットマンとフラッシュは2116年の未来へ。そこでブレイニアックに改造されて悪者となったスーパーマンとバットマンは戦うことに・・・！

地球。それは暗黒の宇宙に浮かぶ、光り輝く宝石……。 そしてまたブレイニアックと名乗るロボットにとっては、惑星コレクションを完成させるための最後の1ピース。 しかし、ジャスティス・リーグがいる限り、断じてそれは許さない！だが何事も抜かりないブレイニアックは、スーパーマンとワンダーウーマン、そしてグリーン・ランタンを異なる時空に飛ばしてしまった。 バットマンとフラッシュは一刻も早く、ジャスティス・リーグの体勢を立て直さなくては。 一方でサイボーグとスーパーガールは地球上でブレイニアックのドローンを迎え撃つ。 レゴ®とDCコミックスが放つオリジナル・ムービー。 危険だらけの先史時代から大海原での決戦まで、どんな状況下でも準備オーケー。ジャスティス・リーグの実力を甘く見ると、あとで後悔するぜ！