ライラと離れ離れになったウィルは、手掛かりがないままライラの行方を捜していた。一方、ライラはコールター夫人によって閉じ込められ、北海の島の岩場にある礼拝堂の中で眠り続けていた。ウィルはバルサモスとイオレクと共にライラがいるという島を目指す。
ライラと離れ離れになってしまったウィルは、手掛かりがないままライラを捜していた。そのライラは北海の島の岩場にある礼拝堂の中にいた。コールター夫人によって閉じ込められ、薬を与えられて眠り続けていた。
ウィルはバルサモスとイオレクと共に船に乗ってライラがいるという島を目指す。コールター夫人に眠らされ続けているライラはロジャーの夢を再び見る。ロジャーが死者の国いることを知り、助けに行くことを誓う。
夢の中で死者の国にいるロジャーを見たライラは、ウィルの短剣を使えば死者の国に行けると考えるが、短剣は折れていた。ライラはイオレクに短剣を直してもらい死者の国に向かおうとするが、ウィルは反対する。
ライラとウィルは人々の流れを追って、ある建物にたどりつく。そこは死者の国への通過所だった。一方、教権本部に戻ったコールター夫人は、ライラのことは自分に任せて手を引くようマクフェイル院長に求めるが...。
ついに死者の国に足を踏み入れたライラとウィル。そこはおぞましい鳥たちが支配する暗い監獄のような場所だった。ライラは無事に親友のロジャーと再会を果たすが、幽霊となったロジャーは全ての希望を失っていた。
アスリエル卿の挑発を受けたメタトロンは、ライラを殺すための爆弾を発射し死者の国に着弾させる。爆発を生き延びたライラとウィルは死者の国から幽霊たちを解放すべく、地上界に通じる窓を開こうと高所を目指す。
オーソリティーの宮殿、クラウデッド・マウンテンがアスリエル卿の要塞上空に現れ、戦争の火ぶたが切られる。ライラとウィルがダイモンたちと合流する時間を稼ぐべく、アスリエル卿は最前線で戦いを繰り広げていた。
ダイモンたちを追って美しい世界にやってきたライラとウィルは、ミュレファの案内でメアリーと再会する。メアリーは2人を温かく迎え、祈ることよりも今を生きること、愛を知ることの尊さを話して聞かせる。