バビロン5<サード・シーズン>

モラーリはシャドウとの秘められた関係を解消しようとしていた。その頃シェリダンたちは、これまでのバビロン5とシャドウとの衝突は、ほんの序章に過ぎないことを鑑み、「軍事会議」の設立を決定する。

一連の爆破テロ行為が、バビロン5を恐怖のどん底に突き落とす。爆破犯の政治的動機についての憶測が飛び交い、一時基地は混乱するが、真犯人が明らかになり、それまでの憶測が全て間違いであったことが判明する。

バビロン5に様々な問題が降りかかる。貨物輸送船に問題が発生し、ナーン政府はバーを再度バビロン5の任務に就かせるべく陰謀を巡らせる。そして、突如現れた未知の無人探査機が基地をスキャンし始めた。

犯罪者の人格をテレパスの力で消去し書き換える刑罰「人格の死」が、これまでの死刑制度に代わり導入された。この制度は一見完璧に思われたが、バビロン5の修道士はこれを非難する。

シェリダンは、基地を嗅ぎ回っていた地球政府の密使に激しく抗議する。その頃イワノバは、シャドウ戦争に勝利するためにファースト・ワンを味方につけるという、困難な任務に当たっていた。

服用すると他人の心の内を覗くことが出来るマインドスキャン強化剤。ジ・カーは、これを使いモラーリの秘密を探ろうとする。そしてサイ・コープスのベスターが、調査のためバビロン5を訪れる。

他の生命体に寄生し、その生命体の神経系を支配してしまう未知の寄生体が発見される。それは太古の種族が、その経験と知識を保存するための手段であることが判明するが、この寄生体にバビロン5が支配されてしまう危険をはらんでいた。

シェリダン率いる秘密組織は、すでに地球政府から反逆の烙印を押されるほどの存在になっていた。そんな中シェリダンは、先頃発見されたシャドウ艦が地球軍の手に渡ることを阻止すべく、シャドウ艦破壊の命令を下す。

地球政府は、地球に戒厳令を布告し、バビロン5を含む全宇宙の警備をナイト・ウォッチに一任することを発表する。しかし、シェリダンはこれに反抗。ナイト・ウォッチを基地から駆逐すべく策を講じる。

地球軍の艦隊が、バビロン5宙域のジャンプゲートに向かって進軍を開始した。これはシェリダンたちに、降伏か戦争かを迫る明らかな挑発行為であったが、シェリダンたちは、あくまで戦うことを選択する。

バビロン5に残ったナイト・ウォッチの残党が、基地を奪還すべく陰謀を企てる。その手始めとして、デレン大使と側近2人を誘拐。基地はこの誘拐事件により、一触即発の緊張状態に包まれる。

緊張状態のバビロン5でさえ、ロマンスを止めることはできない。シェリダンはデレン大使を夕食のデートに誘う。バーは親が決めた美しい婚約者と会うが、彼女にはある問題が。しかも彼の立てた自作自演の救出劇がバレてしまい、事態はさらに悪化する。

シェリダンは、惑星連合との提携を発表する。基地には、自分が伝説上の人物アーサー王だと名乗る、奇妙な旅行者がやってくる。スキャンの結果、剣を所持していることがわかるが、彼はそれが伝説の剣エクスカリバーだと主張する。

シャドウの輸送船を捕らえ、その中身を知ったサイ・コップのベスターは、シャドウを倒すためバビロン5と協力することに同意する。戦争という特殊な状況が、敵対する勢力を結びつけた。

成功ほど続いて起こるものはない。シャドウとの戦いに大勝したことを知り、多くの国々がシェリダンの同盟への加入を表明した。シェリダンは、コッシュにヴォーロン艦隊の派遣を依頼する。

過去と現在との邂逅。時間を超え、バビロン4を死守することになったバビロン5のクルーたちの下に、意外な人物が姿を現す。それはバビロン5初代司令官、ジェフリー・シンクレアだった。

バビロン5のクルーたちが任務を続行する中、シェリダンは時空の亀裂に落ち、彼自身の未来を目撃する。その頃、シンクレアは自らの歴史上の価値と驚くべき運命を知り、その役割を全うしようとしていた。

シャドウの弱点を発見したシェリダンは、それが正しいかどうかを確かめるため、亜空間に現れるシャドウ艦を待ち伏せる。一方、生きる道を失いかけていたフランクリンは、自らの進むべき道を模索するため放浪の旅に出る。

ガリバルディは、その存在を完全に抹消された謎のフロアを発見する。その頃デレンは、レンジャーの新しい指揮官になるよう要請されるが、指揮官の座を狙うミンバリ戦士カーストのネルーンは、デレンに挑戦する。

地球からやってきた聖職者たちが、バビロン5に情報と希望をもらたす。一方、シェリダンは、シャドウの攻撃計画を発見。モラーリは、ライバルのレファを陥れるため罠を仕掛ける。

自らの進むべき道を探し、放浪を続けるフランクリンは、自分の真の敵は自分の中にいると悟りを開く。シェリダンは、非同盟惑星連合をまとめ上げ艦隊を組織。シャドウの大艦隊を迎え撃つ準備を進めていた。

シャドウは、シェリダンをザ・ハ・ドゥムで行われるシャドウのトップ会談に招くため、バビロン5に密使を送る。その使者とは、イカロス号で死んだはずのシェリダンの妻だった。