世界は再び闇に包まれた・・・。新たな光は、やどるのか。
ランドールによって発射された核ミサイルがアトランタとフィラデルフィアを壊滅させてから６か月後、マイルズ、レイチェル、アーロンはレイチェルの父親の元に身を寄せていた。レイチェルに反発するチャーリーは皆と離れ、一人当てもなくさまよっていたが、そこで以前とはすっかり様子が変わったモンローの姿を目にする。一方、妻ジュリアの消息をつかめないネヴィルは絶望の淵にいた。
アーロンの蘇生にはナノテクが関係していることは明らかだったが、アーロンも自分の身に何が起きているのか分からなかった。タイタス・アンドーバーの一味に捕らえられたマイルズは、絶体絶命の状況に陥る。マイルズを救出に向かうレイチェルたちは途中、何千匹ものネズミが変死しているのを発見する。一方、誘拐されたモンローの後を追ったチャーリーだったが、逆に自らも囚われの身になってしまう。そしてネヴィルは「愛国者」、つまり政府内部へ侵入する計画をたてる。
レイチェルに救出されたマイルズは、腎不全で瀕死の状態にあるタイタスの妻ジェシカを連れ、ウィロウビーに戻る。一方、政府内部に侵入したネヴィルとジェイソンだったが、愛国者たちに正体がばれてしまう。そして、チャーリーとアダムはモンローの扱いについて意見が衝突する。タイタス一味の脅威が追ってくるなか、マイルズはウィロウビーの住人を町から逃がそうとするが…。
レイチェルが3日間の昏睡から目覚めると、アメリカ政府がウィロウビーの町を完全に仕切っていた。“愛国者”だと名乗る彼らに対して、ランドールの最期の言葉が頭にあるレイチェルは不信感を抱く。彼らの本当の目的を探るため、トルーマンのオフィスへ忍び込こんだレイチェルは“プロビデンスの目”のマークがついた書類を目にする。そして書類に書かれていた操車場へ行ったマイルズは、タイタスと一緒にいたはずの男が政府の制服を着て無残にタイタス一味を惨殺するのを目撃する。
ウィロウビーにアメリカ政府を警戒するテキサス・レンジャーが現れる。アメリカ政府を倒す切り札と考えたマイルズは、レンジャーを説得するための証拠を探し求める。そこで町に戻ったチャーリーと再会するが、彼女と一緒にいたのはモンローだった。一方、ワシントンD.C.へ向かうアレンフォードに同行したネヴィルは、アメリカ政府の仲間から襲撃を受ける。そして重傷を負ったアレンフォードから息子のジェイソンに関する情報を聞き出す。
モンローには死刑が宣告され、マイルズは自身の行動がもたらした結果の重大さに気付く。チャーリー、レイチェルそしてジーンはこれまでの考えを改め、モンローは愛国者たちへの対抗に有効な唯一の味方なのではないかと考え始める。しかしマイルズは旧友であるモンローの真意に対して懐疑的になる。アーロンは相変わらず謎の幻視に悩まされる。
マイルズたちは、ウィロウビーから脱出できずにいた。そんな時、アーロンの秘密が愛国者の上席科学顧問であるホーンに知られてしまう。ホーンの魔の手から逃れるため、マイルズたちはアーロンを町から脱出させる作戦を立てる。しかし、ホーンに脅迫されたレイチェルの父ジーンが愛国者側に情報を漏らしたことで、計画の変更を余儀なくされる。マイルズは直前にジーンが愛国者側のスパイだったという事実を見抜くが、レイチェルは自分の父の裏切りに大きな衝撃を受ける。
トルーマンは、マイルズとアーロンを爆破事件の首謀者に仕立てあげる。レイチェルはホーンからアーロンを守るためには、先にホーンを殺すしかないと考え、愛国者たちの本部がある製紙工場の地下に毒ガスを流す計画をたてる。一方ネヴィルは、アレンフォードの夫である愛国者の総司令官を訪ね、彼女の身柄を拘束していることを告げる。そして、国家の裏切り者である彼女を夫である総司令官自身の手によって出頭させるべきだと持ちかける。
マイルズたちが愛国者の本部に駆けつけると、アーロンとシンシアの姿はそこになく、兵士たちがみな気絶して倒れていた。アーロンの足跡を追い霧深い森の奥へと進むマイルズたちだったが、ホーンたちも同様にアーロンの行方を追って森の中にいた。その頃アーロンは廃墟となった高校の校舎で意識を戻す。シンシアの傷が治っていることに驚くアーロンの前に一人の少年が現れるが…。一方、ザ・ホワイトハウスへ向かうためワシントンD.C.行きの列車に乗ったネヴィルとジェイソンは、思いがけない人物と再会する。
マイルズ、モンロー、レイチェルはモンローの息子コナーを捜すためにメキシコへ向かう。ワシントンではネヴィルとジュリアが、ザ・ホワイトハウスのパーティで政府の首席補佐官の暗殺を企てていた。一方、シンシアの死に打ちのめされたアーロンは、ナノテクの言葉に従いオクラホマのスプリングシティへと一人で旅立つ。そして、チャーリーとジーンはアーロンを捜すうちに愛国者たちの新たな企みを知ることになる。
マイルズはコナーに捕まったモンローの救出に駆けつけるが、自分を逃がしたことでコナーが窮地に追い込まれると思ったモンローは逃げるのを拒み、結果マイルズも一緒に捕らわれてしまう。スプリングシティでグレースと再会したアーロンは、案内されたグレースの家で、なんと別れた妻プリシラに出会う。さらに驚くことに、プリシラもアーロンと同じくナノマシンと交信をしていたのだった。一方、チャーリーとジーンは愛国者に捕えられたジーンの友人の救出に向かうが、そこで恐ろしい発見をする。
発疹チフスの感染者たちを救おうと必死なジーンの姿に、レイチェルとチャーリーも手助けしようという気持ちになる。だが、死亡した感染者から採取した血液を検査したレイチェルは、病原菌が人工的に作られたものであることを突き止める。アーロンの前に再びナノマシンがシンシアの姿で現れ、テキサスのラボックに行けと告げる。一方、ネヴィルとジュリアはジェイソンが拘束されている場所を突き止めようと奔走する。レイチェルからのメッセージを受け取ったマイルズたちは、愛国者が隠し持っているはずのワクチンを探すため愛国者の秘密本部へと侵入する。
発疹チフスに感染したジーンは危険な状態に陥るが、間一髪でワクチンが届く。今のままでは愛国者に勝てないと感じたモンローは傭兵探しにコナーとチャーリーを連れてニュー・ベガスへ向かう。一方、ジュリアを人質に取られたネヴィルは、大統領からモンローを殺せと命令を受け、再びマイルズとレイチェルの前に姿を現す。そしてラボックに到着したアーロンとプリシラは、大学時代の友人ピーターと再会するが、そこで見たのは驚くべき光景だった。
ニュー・ベガスでダイヤの強奪に失敗して捕まったモンローとコナーは、どちらかが死ぬしかない状況に追い込まれていた。ネヴィルとジェイソンは、ジュリアを捕えているドイルがウィロウビーで野戦病院を再教育センターに建て替えていることを知る。そしてネヴィルと組んだマイルズは、彼が本当に信用できるのか疑問を抱き始める。一方アーロンとプリシラは、ナノのコードをめぐる奇妙な現象に巻き込まれていく。
アーロンが目覚めると、そこは電力のある世界だった。その世界で彼はプリシラと結婚し、会社を経営している。違和感を覚えるアーロンだったが、次第にナノマシンがアーロンにコードを修正させるために幻覚を見せていることに気づく。そして、アーロンの前に見覚えのある人物が次々と現れる。
マイルズとレイチェルはニュー・ベガスから戻ったチャーリーたちと再会する。ワシントンD.C.では、アレンフォードが大統領に、再教育センターが稼働し始めたことを報告する。その頃、再教育センターに偵察に行ったマイルズとモンローは、尾行してきた２人の子供兵士を捕えるが…。ドイルが邪魔なネヴィルは、トルーマンをそそのかし、ドイルには報告せずにマイルズたちを襲撃する。そして、アーロンはウィロウビーへ戻るためにプリシラと２人で旅を続ける。
マイルズが訓練生を逃がしたことで、隠れ家が愛国者に見つかってしまう。町の人々を味方につけるために、ジーンはマイルズを連れてウィロウビーへ行き、バーを経営するマリオンに助けを求める。ジーンは、全ては愛国者の仕業だったとマリオンを説得するが、そこへトルーマンがマリオンを訪ねてくる。一方、モンローはダンカンの手下の生き残りたちと遭遇し、ダンカンが愛国者によって殺されたことを知る。そして、レイチェルの反対を押し切り、訓練所の奇襲を決行するのだった。その頃、ネヴィルはドイル殺害計画がドイル本人に知られてしまい、ジェイソンと共に窮地に立たされる。
ネヴィルの態度に業を煮やしたジェイソンは、愛国者がテキサスを攻め落とそうとする計画の重要な情報を持って、マイルズに協力を申し出る。テキサスのオースティンに到着したマイルズたちは、愛国者たちが元大統領ブランチャードを狙っていることを知る。さらに訓練生の教官を捕えたジェイソンは、愛国者がカーバー将軍の暗殺も企てていることを突き止める。一方、アーロンはプリシラの奇妙な行動に疑念を募らせていく。
4人はオースティンを脱出するが、追ってきたレンジャーとの銃撃戦でマイルズは重傷を負い、仲間とはぐれてしまう。チャーリー、レイチェル、モンローが手分けをしてマイルズを捜すなか、チャーリーはネヴィルに遭遇し、ジェイソンの居場所を問い詰められる。アーロンはマイルズを助けるようにナノに協力を求めるが、拒否されてしまう。そして、マイルズは壊れた家の地下室に閉じ込められて絶望的な状況にいた。
アメリカ大統領から権限を与えられたトルーマンは、マイルズとモンローを殺すためにマスタードガスによる襲撃を実行する。レイチェルに反対されながらもマイルズは愛国者を倒すため、同じガスを使ったモンローの非情な作戦に加わることに同意する。一方、ネヴィルは愛国者から刺客を送られ、アーロンはナノになったプリシラの行動にさらに不安を募らせていく。
愛国者を倒すという同じ目的を持ったネヴィルとモンローは、不安定な同盟関係を結ぶことになる。アーロンを捜していたレイチェルは、ナノマシンと真正面から対峙することになり、マイルズとチャーリーとジーンは、マスタードガスを積んだ列車を盗もうとするが、その計画に邪魔が入ってしまう。
愛国者の企みにより戦争への危険が今まで以上に増してしまう。マイルズ、チャーリー、そしてモンローは愛国者へ攻撃を始めるが、カリフォルニアとテキサスの戦争を回避するためには危険を伴う計画を実行しなければならなかった。一方、ネヴィルは復讐のためにデイビス大統領に照準を定める。そしてアーロンとレイチェルはナノからプリシラを救うが、意外な結果を招くことになる。
ブルーレイ（2D）
レボリューション ＜ファイナル・シーズン＞ コンプリート・ボックス
【 DISC1 】
本編：約 258 分
映像特典：約 2 分
映像特典内容：
未公開シーン集
ディスク仕様：ブルーレイ（2D） （片面2層）
本編：High Definition 1080p Mpeg 4 AVC
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語(for the Hearing Impaired) 3. 吹替用
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
【 DISC2 】
本編：約 257 分
映像特典：約 4 分
映像特典内容：
未公開シーン集
ディスク仕様：ブルーレイ（2D） （片面2層）
本編：High Definition 1080p Mpeg 4 AVC
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語(for the Hearing Impaired) 3. 吹替用
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
【 DISC3 】
本編：約 257 分
映像特典：約 5 分
映像特典内容：
未公開シーン集
ディスク仕様：ブルーレイ（2D） （片面2層）
本編：High Definition 1080p Mpeg 4 AVC
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語(for the Hearing Impaired) 3. 吹替用
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
【 DISC4 】
本編：約 171 分
映像特典：約 73 分
映像特典内容：
“レボリューション”の目指す道
“レボリューション”の反響：国連との対話
国連広報ビデオ：電力のない地域に電力を
2013コミコン キャスト＆スタッフ座談会
ＮＧ集
未公開シーン集
ディスク仕様：ブルーレイ（2D） （片面2層）
本編：High Definition 1080p Mpeg 4 AVC
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語(for the Hearing Impaired) 3. 吹替用
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
※仕様、特典、ジャケット・デザイン、価格等は都合により予告なく変更する場合がございます。
DVD
レボリューション ＜ファイナル＞ セット1（6枚組）
【 DISC1 】
本編：約 86 分
ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
【 DISC2 】
本編：約 86 分
映像特典：約 2 分
映像特典内容：
未公開シーン集
ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
【 DISC3 】
本編：約 86 分
ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
【 DISC4 】
本編：約 86 分
映像特典：約 1 分
映像特典内容：
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ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
【 DISC5 】
本編：約 86 分
映像特典：約 1 分
映像特典内容：
未公開シーン集
ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
【 DISC6 】
本編：約 86 分
映像特典：約 2 分
映像特典内容：
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ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
※仕様、特典、ジャケット・デザイン、価格等は都合により予告なく変更する場合がございます。
DVD
レボリューション ＜ファイナル＞ セット2（5枚組）
【 DISC1 】
本編：約 86 分
映像特典：約 3 分
映像特典内容：
未公開シーン集
ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
【 DISC2 】
本編：約 85 分
映像特典：約 1 分
映像特典内容：
未公開シーン集
ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
【 DISC3 】
本編：約 86 分
映像特典：約 1 分
映像特典内容：
未公開シーン集
ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
【 DISC4 】
本編：約 86 分
映像特典：約 1 分
映像特典内容：
未公開シーン集
ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
【 DISC5 】
本編：約 86 分
映像特典：約 73 分
映像特典内容：
“レボリューション”の目指す道
“レボリューション”の反響：国連との対話
国連広報ビデオ：電力のない地域に電力を
2013コミコン キャスト＆スタッフ座談会
ＮＧ集
未公開シーン集
ディスク仕様：DVD （片面2層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
※仕様、特典、ジャケット・デザイン、価格等は都合により予告なく変更する場合がございます。
DVD
レボリューション ＜ファイナル・シーズン＞ コンプリート・ボックス
【 DISC1 】
本編：約 86 分
ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語(for the Hearing Impaired) 3. 吹替用
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
【 DISC2 】
本編：約 86 分
映像特典：約 2 分
映像特典内容：
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ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語(for the Hearing Impaired) 3. 吹替用
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
【 DISC3 】
本編：約 86 分
ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語(for the Hearing Impaired) 3. 吹替用
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【 DISC4 】
本編：約 86 分
映像特典：約 1 分
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ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語(for the Hearing Impaired) 3. 吹替用
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【 DISC5 】
本編：約 86 分
映像特典：約 1 分
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ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
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【 DISC6 】
本編：約 86 分
映像特典：約 2 分
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ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
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【 DISC7 】
本編：約 86 分
映像特典：約 3 分
映像特典内容：
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ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
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【 DISC8 】
本編：約 85 分
映像特典：約 1 分
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ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
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【 DISC9 】
本編：約 86 分
映像特典：約 1 分
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未公開シーン集
ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
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【 DISC10 】
本編：約 86 分
映像特典：約 1 分
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未公開シーン集
ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語(for the Hearing Impaired) 3. 吹替用
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
【 DISC11 】
本編：約 86 分
映像特典：約 73 分
映像特典内容：
“レボリューション”の目指す道
“レボリューション”の反響：国連との対話
国連広報ビデオ：電力のない地域に電力を
2013コミコン キャスト＆スタッフ座談会
ＮＧ集
未公開シーン集
ディスク仕様：DVD （片面2層）
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音声：1. ドルビーデジタル 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 5.1ch：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語(for the Hearing Impaired) 3. 吹替用
字幕翻訳：伊東武司
吹替翻訳：千葉真美
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