エイリアンの襲撃を受けてから１年が経とうとしていた。悪夢はしだいに現実のものとなり、まったく変わってしまった世界が目の前に広がる。エイリアンの絶え間なく続く攻撃をくぐり抜けた生存者と、自分たちと共に戦う同志を求め、マサチューセッツ市民軍第2連隊は、サウスカロライナ州チャールストンを目指す。トム・メイソンは隊員や息子たちの指揮官として奮闘するが、新たな脅威や幾度となく現れる敵が容赦なく彼らに襲いかかってくる。
マサチューセッツ市民軍第2連隊（セカンド・マス）副隊長のトムが自らの意志でエイリアンの宇宙船に乗り込み、消息を絶ってから3カ月、トムの安否は不明だったが、ウィーバーは以前と同様、セカンド・マスの隊長として隊を率い、アンもまた医師としての立場から生存者の治療に尽力していた。一方、ポープがベルセルクという新たな戦闘グループを立ち上げる。そんななか、トムが謎の帰還を果たす。
エイリアンの宇宙船からセカンド・マスに戻ってきたトム。だが、帰還後、原因不明の頭痛に襲われ、トムはエイリアンが自分の脳に何かをしたのではないかと疑い始める。一方、トムの信頼性を疑うポープは、隊の中にトムに対する不信感を植え付けてゆく。ベンは、以前にも増してスキッターへの憎悪を強めていた。そんななか、セカンド・マスの偵察隊はエイリアンから攻撃を受けた時の避難ルートを見つける。
セカンド・マスは避難場所を求め、飛行場の格納庫にたどり着く。だが、通気性のよい場所ではなく、アンは隊員の健康状態が気がかりでならない。トムとベルセルクの対立は、いよいよ緊張感を増し、ベルセルクはトムを排除しようとする。一方、若い隊員が非業の死を遂げ、死を悼むウィーバーらは、彼の遺体を丁重に弔うのだった。そんななか、セカンド・マスは、ある訪問者から得た情報に希望の光を見出す。
ある日、ベルセルクのメンバーたちによってスキッターのおとりに使われたマット。トムは自分の息子が危険にさらされたことを激怒する一方、ベルセルクがマットに与える影響を心配していた。そんななか、ベンとハルは、ある少年を助けようとしたところ、ふとした隙にオートバイを盗まれてしまう。だが、それがきっかけとなり、大きな発見をする。一方、ウィーバーは、家族の一員との再会を果たす。
ある日、町で大きな爆発が起こり、トムは事態を見極めるため、ベルセルクとともに現場へ向かう。ハルは、がれきの下からセカンド・マスの仲間と馴染みのある人物を発見する。だが、彼を信用していいのかどうか判断がつかない。一方、あるスキッターが捕らえられ、捕虜としてキャンプに連れてこられる。見回りをしていたマーガレットとハルは徐々に互いの距離を縮め、マーガレットはハルに自分の過去を打ち明ける。
トムはアンにエイリアンから襲撃を受ける前の家族の平和な日常を語る。アンもトムと同様に家族を失う悲劇に見舞われており、同じ境遇の2人はしだいに親交を深めてゆく。一方、ウィーバーの体に深刻な異変が起こる。ウィーバーはアンにトムにはこの事実を伏せるように言うが、事態を察したトムはある決意をする。そんななか、ハルとマーガレットはハーネスを取り外された状態で死んでいる子供の遺体を発見する。
ある日、ベンは森の中で信頼していたある人物がたくらんだ罠にはまり、窮地に陥ったところをトムに救われる。そして、トムは、ある重要な捕虜を捕らえることに成功する。一方、ウィーバーはマットに自尊心を持ってもらいたいという思いから、あることを言い付ける。そんななか、セカンド・マスの隊員たちが、ある建物の地下で深刻な事態に直面していた。ついに新たな敵がその姿を現し、最悪の状況となる。
セカンド・マスの隊員たちはチャールストンを目指し出発する。だが、隊員たちのなかには、戦闘で散った仲間たちの死を悼み、深い悲しみから立ち直れない者もいた。一方、ウィーバーはテクターの運転でトムたちのバスとは別のトラックに乗っていた。テクターは運転しながらウィーバーにエイリアンから侵略を受ける前の自分の経歴を話す。だが、途中でトラックが何かにぶつかってしまう。それは、ハーネスを付けた少女だった。
セカンド・マスの隊員たちが、ついにチャールストンに到着し、以前からの知り合いや新たな顔ぶれの面々と挨拶を交わす。そのなかでトムは、かつての恩師アーサー・マンチェスター教授（テリー・オクィン）の姿を見つける。隊員たちは、目的地へ到着して安堵するも、新たな環境のなかで誰を信頼し、誰を警戒すべきなのか見極める難しさも感じていた。一方、マーガレットはポープが、ある考えを抱いていることに気づく。
セカンド・マスの隊員たちは、いよいよ史上最大の脅威と直面する。ある日、侵入者を知らせる警報が鳴った。スキッターがある意図を持ってベンとともに現れたのだ。ブレスラーはスキッターを撃ち殺すよう命じるが、トムやセカンド・マスの隊員たちが立ちはだかり、銃撃を阻止する。そして、ベンの口を借りて語り始めたレッド・アイ。トムは新たなステージを迎えたことを実感するのだった。
ブルーレイ（2D）
フォーリング スカイズ＜セカンド・シーズン＞ ブルーレイ コンプリート・ボックス (2枚組)
【 DISC1 】
本編：約 210 分
映像特典：約 38 分
映像特典内容：
新たな独立戦争（20:48）
セット見学ツアー（8:59）
アーサー・マンチェスター（1:45）
クローリーの製作（1:11）
宇宙船のデザイン（1:22）
チーム・スキッター（2:48）
電子コミック版予告編（1:13）
ディスク仕様：ブルーレイ（2D） （片面2層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーTrueHD 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 2.0ch：日本語 3. ：
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用 4. 音声解説用
字幕翻訳：藤本聡
吹替翻訳：李静華、前中祐子
【 DISC2 】
本編：約 210 分
映像特典：約 43 分
映像特典内容：
スキッターの特殊効果（9:47）
第10話 キャスト＆スタッフによる座談会（30:55）
サード・シーズン予告（2:19）
ディスク仕様：ブルーレイ（2D） （片面2層）
本編：High Definition 1080p Mpeg 4 AVC
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. ドルビーTrueHD 5.1ch：英語 2. ドルビーデジタル 2.0ch：日本語 3. ：
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用 4. 音声解説用
字幕翻訳：藤本聡
吹替翻訳：李静華、前中祐子
※仕様、特典、ジャケット・デザイン、価格等は都合により予告なく変更する場合がございます。
DVD
フォーリング スカイズ＜セカンド・シーズン＞ DVDコンプリート・ボックス (5枚組)
【 DISC1 】
本編：約 84 分
映像特典：約 1 分
映像特典内容：
第２話 予告編（0:33）
第３話 予告編（0:33
ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. 5.1ch：英語 2. 2.0ch：日本語 3. ：
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用 4. 音声解説用
字幕翻訳：藤本聡
吹替翻訳：李静華、前中祐子
【 DISC2 】
本編：約 84 分
映像特典：約 1 分
映像特典内容：
第４話 予告編（0:33）
第５話 予告編（0:33）
ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. 5.1ch：英語 2. 2.0ch：日本語
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用
字幕翻訳：藤本聡
吹替翻訳：李静華、前中祐子
【 DISC3 】
本編：約 84 分
映像特典：約 1 分
映像特典内容：
第６話 予告編（0:33）
第７話 予告編（0:33）
ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. 5.1ch：英語 2. 2.0ch：日本語 3. ：
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用 4. 音声解説用
字幕翻訳：藤本聡
吹替翻訳：李静華、前中祐子
【 DISC4 】
本編：約 84 分
映像特典：約 1 分
映像特典内容：
第８話 予告編（0:33）
第９話 予告編（0:33）
ディスク仕様：DVD （片面1層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. 5.1ch：英語 2. 2.0ch：日本語 3. ：
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用 4. 音声解説用
字幕翻訳：藤本聡
吹替翻訳：李静華、前中祐子
【 DISC5 】
本編：約 84 分
映像特典：約 81 分
映像特典内容：
第10話 予告編（0:33）
第10話 キャスト＆スタッフによる座談会（30:55）
新たな独立戦争（20:48）
アーサー・マンチェスター（1:45）
セット見学ツアー（8:59）
宇宙船のデザイン（1:22）
スキッターの特殊効果（9:47）
チーム・スキッター（2:48）
クローリーの製作（1:11）
電子コミック版予告編（1:13）
サード・シーズン予告（2:19）
ディスク仕様：DVD （片面2層）
本編サイズ：スクイーズビスタサイズ／16×9FF
音声：1. 5.1ch：英語 2. 2.0ch：日本語 3. ：
字幕：1. 日本語 2. 英語 3. 吹替用 4. 音声解説用
字幕翻訳：藤本聡
吹替翻訳：李静華、前中祐子
※仕様、特典、ジャケット・デザイン、価格等は都合により予告なく変更する場合がございます。
フォーリング スカイズ ＜セカンド＞ セット（5枚組）
【 DISC1 】
【 DISC2 】
【 DISC3 】
【 DISC4 】
【 DISC5 】
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フォーリング スカイズ＜セカンド＞ コンプリート・ボックス（2枚組）
【 DISC1 】
音声：1. ：
【 DISC2 】
音声：1. ：
※仕様、特典、ジャケット・デザイン、価格等は都合により予告なく変更する場合がございます。
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